Σε πιστοποιημένους χώρους καύσης, που είναι κλίβανοι, αρχικά στις περιοχές της Ημαθίας (Σφαγεία) και Αρκαδίας, μεταφέρονται με ειδικά φορτηγά-ψυγεία τα νεκρά ζώα από τις περιοχές της Θεσσαλίας, με προοπτική να χρησιμοποιηθούν και άλλοι χώροι στην υπόλοιπη Ελλάδα, μόλις οι συνθήκες προσβασιμότητας το επιτρέψουν. Κατόπιν υπόδειξης των κτηνιατρικών υπηρεσιών, στις περιπτώσεις που πληρούνται οι όροι και οι προϋποθέσεις, θα χρησιμοποιηθεί και η μέθοδος της υγειονομικής ταφής. Από την Διεύθυνση Κτηνιατρικής του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, προηγήθηκαν σχετικές οδηγίες για την περισυλλογή και διαχείριση των νεκρών ζώων.
Μάλιστα για λόγους επιτάχυνσης των διαδικασιών αποφασίστηκε να μη γίνει καταγραφή των νεκρών ζώων από τον ΕΛΓΑ με επιτόπιο έλεγχο, αλλά αυτή να στηριχθεί στα επίσημα στοιχεία της Κτηνιατρικής Υπηρεσίας, τα οποία θα διασταυρωθούν αργότερα με τα στοιχεία του ΕΛΓΑ και τις δηλώσεις των κτηνοτρόφων.
