Συνταγματικός κρίθηκε ο εκκλησιασμός και η πρωινή προσευχή των μαθητών των νηπιαγωγείων και των δημοτικών σχολείων, σύμφωνα με απόφαση της Ολομέλειας του Συμβουλίου της Επικρατείας, ενώ αντισυνταγματικό και αντίθετο στην Ευρωπαϊκή Σύμβαση Δικαιωμάτων του Ανθρώπου (ΕΣΔΑ) κρίθηκε το γεγονός ότι δεν προβλέπεται η δυνατότητα απαλλαγής από τον εκκλησιασμό μαθητών νηπιαγωγείων και δημοτικών σχολείων για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, κατόπιν σχετικής δήλωσης των γονέων τους.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ έκρινε ότι «η προσευχή και ο εκκλησιασμός στο πλαίσιο της εκπαιδευτικής διαδικασίας συνιστούν, όπως και η διδασκαλία του μαθήματος των Θρησκευτικών, αναγκαία μέσα, με τα οποία υπηρετείται ο συνταγματικός σκοπός της αναπτύξεως της θρησκευτικής συνείδησης των Ελλήνων κατ’ άρθρο 16 παράγραφος 2 του Συντάγματος». Ακόμη, αναφέρεται στην δικαστική απόφαση, ότι «ως εκ τούτου, απευθύνονται αποκλειστικά στους μαθητές που ασπάζονται το Ορθόδοξο Χριστιανικό δόγμα και όχι στους ετερόδοξους, αλλόθρησκους ή άθεους μαθητές». Οι τελευταίοι «που απολαμβάνουν το δικαίωμα της θρησκευτικής ελευθερίας, η οποία κατοχυρώνεται στο άρθρο 13 παράγραφος 1 του Συντάγματος, έχουν ευθέως βάσει της συνταγματικής αυτής διατάξεως, δικαίωμα απαλλαγής από την προσευχή και τον εκκλησιασμό, χωρίς καμία δυσμενή συνέπεια, εφ’ όσον οι γονείς τους υποβάλουν δήλωση ότι δεν επιθυμούν, για λόγους θρησκευτικής συνείδησης, να συμμετέχουν τα τέκνα τους στην προσευχή και τον εκκλησιασμό».
